Historia kościoła i jego powstania związana jest z reformacją, która w drugiej połowie XVI wieku rozprzestrzeniła się na tereny cieszyńskie. Książę cieszyński Fridrich Kazimír, który wyznawał protestantyzm, w 1568 r. wezwał pastora ewangelickiego Jakuba Preissa z Brzegu do Frysztatu, a rok później w pobliżu murów miejskich zbudował murowany kościół ewangelicki. Drewniany kościół znajdował się na nowo powstałym cmentarzu, dlatego służył do odprawiania mszy żałobnych (dzięki temu nazwano go później Kościołem Pogrzebowym). Inne uroczystości odprawiał pobliski kościół Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, zwany dziś kościołem Podwyższenia Krzyża Świętego.

W czasie wojny trzydziestoletniej w 1627 r. wydano nowe zakłady ziemskie, które między innymi ustanowiły katolicyzm jako jedyną dozwoloną religię. W następnym roku wszystkie niekatolickie kościoły na Ziemi Cieszyńskiej zostały zamknięte, w tym kościół pogrzebowy. W 1654 roku kościół został odebrany kościołowi ewangelickiemu, należał do Kościoła katolickiego, a po ponownym poświęceniu ponownie spełnił swoje pierwotne przeznaczenie. Jednak z czasem kościół popadł w ruinę, dlatego miejscowy ksiądz Augustin Fojcik w 1773 roku zdecydował się go zburzyć. Rok później na tym samym miejscu powstał murowany kościół w stylu klasycystycznym pod wezwaniem św. Marka. Do jego budowy przyczynił się również właściciel miasta, irlandzki szlachcic Mikuláš Taafe z Calingford.

Kilka lat później, w 1781 roku, był we Frysztacie ogromny pożar, który poważnie uszkodził kościół i zakłócił jego statykę. Jednak po gruntownym remoncie w 1786 r. uderzyło w kościół trzęsienie ziemi, które pozostawiło duże pęknięcia w ścianach. Kolejną katastrofą był pożar w 1823 r. Zrujnowany kościół przejął budowniczy Vavřinec Müller, który odbudował go własnym kosztem w latach 1823–1826. Budynek został podwyższony o 1,5 m, a wieża otrzymała typowy dach cebulowy. Nad nowym ołtarzem wisiał także obraz św. Jana na pustyni, który podarował kościołowi hrabia Henryk Larisch-Mönnich. Później dodano nowe organy i obraz św. Marka z 1863 r. Autorstwa Gabriela Preissa.

W latach 1996-1997 kościół przeszedł kolejną rekonstrukcję, ale tym razem zachował się wygląd kościoła z 1826 r. Kościół nie spełnia już swojego pierwotnego celu pogrzebowego, ale od czasu do czasu odbywają się tu msze św. oraz okazjonalne zwiedzanie kościoła.

Kościół zbudowany jest w czysto klasycystycznym stylu. Składa się z jednego budynku, w zachodniej elewacji znajduje się graniastosłupowa wieża i wejście. W ścianie południowo-wschodniej znajduje się boczne wejście, które jest jedynym wejściem do kościoła. Obok znajduje się płyta nagrobna proboszcza z Frysztatu Josefa Plasuna z 1864 r. Wewnątrz kościoła znajduje się również barokowa płyta nagrobna Benigny Haugwitzové z Gašína z 1674 r., która pierwotnie znajdowała się na cmentarzu w pobliżu kościoła.