Kiedy miasto Frysztat zostało założone w latach 1303–1306 przez księcia Mieszka I jako centrum administracyjne i handlowe północno-zachodniej części Księstwa Cieszyńskiego, szukano od razu miejsce na kościół parafialny. Nie jest zupełnie jasne, czy budowa kościoła została sfinansowana przez lokalnego mecenasa, czy ze zbiórki publicznej. Pierwsza wzmianka o tym kościele pochodzi z 1376 roku, kiedy to został rozbudowany przez księcia Przemysła I. Cieszyńskiego i proboszcza Jana o fundament ołtarza Bożego Ciała i św. Jana Ewangelisty. Ołtarze umieszczono w bocznym prezbiterium. Jednak czasu powstania tego ołtarza nie można bezpośrednio określić. Z dokumentów wynika, że ​​przed ołtarzem oprócz głównego znajdował się także inny ołtarz, co również świadczy o wcześniejszej budowie kościoła (źródła podają 1327). Nie zachowały się jednak żadne dokumenty świadczące o wielkości majątku kościoła lub parafii w tym okresie. Kult Bożego Ciała rozpowszechnił się w dorzeczu Odry w XIV wieku. Już w 1349 roku ołtarz tego kultu powstał w Głubczycach, następnie w Raciborzu i Hlučíně, z których można wywnioskować, że powstanie ołtarza bocznego pod wezwaniem Bożego Ciała i św. Jana Ewangelisty sięga połowy do trzeciej ćwierci XIV wieku.

W 1420 roku Petr Hoberg napisał dokument potwierdzający budowę kaplicy pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny z ołtarzem Boga Wszechmogącego, Stanisława i świętych Elżbiety, Anny, Doroty, Hedwiki, Katwarzyny i Małgorzaty. Kaplica powstała w odpowiedzi na powstanie husyckie na Śląsku. Nie można jednak dokładnie określić, gdzie stała ta kaplica i czy nie była to osobna budowla.

Do XV wieku kościół nie posiadał wieży. Do tego czasu stała obok kościoła jako drewniany budynek, ale w 1511 r. we Frysztacie wybuchł wielki pożar, który spowodował również zniszczenia kościoła (potwierdzone przez zachowane dokumenty pierwotnego majątku kościelnego). Po gruntownej przebudowie między 1515 a 1530 rokiem między północnym transeptem a zachodnią częścią nawy głównej powstała murowana wieża z czterema dzwonami (Julius Bayer wspomina o sześciu dzwonach). Do wieży zbudowano od zachodniej strony kościoła zewnętrzną kręconą klatkę schodową z wieżyczką, sięgającą aż do trzeciej kondygnacji wieży. Kościół przeszedł również poprzez przebudowę konstrukcji sufitu z belkowej na kątową. W zachowanych relacjach z 1521 r. pośrodku kościoła znajduje się wzmianka o filarze, z którego można wywnioskować, że kościół był dwuczęściowy. Świadczą o tym zachowane pierwotnie dwa ukośne łuki konstrukcji sufitu na poddaszu kościoła.

W dokumentach ze średniowiecznych raportów wymieniono cztery kolejne ołtarze boczne pierwotnego kościoła pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny: ołtarz Bożego Ciała i św. Jana Ewangelisty, ołtarz św. Krzyża (południowe ramię), ołtarz Boga Wszechmogącego i ołtarz Wszystkich Świętych. W kaplicy Matki Bożej (północna część) umieszczono obraz Matki Boskiej. Znajduje się tam również otoczony murem grób przeznaczony na pochówek rodziny pana z Cygana.

Budowa Kaplicy Morawskiej, później Kaplicy św. Jana Nepomucena rozpoczęto w 1611 r. (Julius Bayer 1511), a ukończono w 1617 r. Nie jest pewne, czy była to kaplica następująca po pierwotnej kaplicy Marii Panny z 1420 r.

W sąsiedztwie kościoła znajdowało się kilka innych budynków, m.in. szpital wybudowany przez księżną Annę z końca XV wieku, budynek parafii pierwotnie dwukondygnacyjny drewniany, dom księży dla starszych księży, szkoła itp. Między domami i kościołem był cmentarz dla ludzi zasłużonych, ten został później zamurowany murem ogrodowym.

Kościół przez cały czas należał do majątku Frysztatu. Pozostawili jednak prawo mianowania proboszcza biskupiego i proboszcza na siedzibę biskupią.

Pod koniec XVIII wieku kościół został poważnie uszkodzony przez pożar, a dach musiał zostać rozebrany, a następnie odbudowany. Na początku XIX wieku nad ołtarzem głównym obraz „Wniebowzięcie Najświętszej Marii Panny” (styl gotycki na drewnie) autorstwa księcia biskupa Josefa Kristiána został zastąpiony obrazem „Św. Krzyża”, stąd kościół został przemianowany na Podwyższenia św. Krzyża.

Przed pomalowaniem wnętrza w 2011 roku w Kaplicy Matki Bożej (północna część) odkryto gotyckie malowidła z XV wieku. Po renowacji stwierdzono, że są to tak zwane obrazy „secco” nałożone na tynk wapienny. Barwniki składają się głównie z pigmentów mineralnych, a ich spoiwem były białka jaj, gumy, guma arabska itp.